1871 yılında Zübeyde Hanım ile evlenen Ali Rıza Efendi'nin henüz elli yaşlarında iken 1888 yılında ölmesi üzerine, yedi-sekiz yaşlarında yetim kalan küçük Mustafa'nın büyütülmesi ve yetiştirilmesi görevi, büyük Türk kadını Zübeyde Hanım'a düştü.

Küçük Mustafa, ilk öğrenimine bir süre annesinin arzusuna uyarak Hafız Mehmet Efendi'nin mahalle mektebinde devam etti; fakat çok geçmeden babasının isteği ile Selânik'te çağdaş eğitim yapan Şemsi Efendi Mektebi'ne geçti ve ilkokulu burada bitirdi. Şemsi Efendi, yeni öğrencisinin yeteneklerini ve zekâsını takdir ettiğinden, küçük Mustafa'nın kendi okulunda bulunmasından son derece memnundu. Küçük Mustafa, bu okulda okurken babası öldü. Bu sıralarda isimleri Makbule ve Naciye olmak üzere kendisinden küçük iki kız kardeşi bulunuyordu. Babaları öldüğü zaman küçük Mustafa yedi, Makbule bir yaşını henüz doldurmuştu; Naciye ise kırk günlüktü. Bu en küçük kardeşleri genç kız iken Selânik'te öldü.

Ali Rıza Efendi'nin ölümü üzerine, Zübeyde Hanım üç çocuğu ile bir süre Selânik yakınlarındaki Rapla çiftliğinde subaşılık yapan kardeşi Hüseyin Efendi'nin yanına yerleşti. Çiftlik hayatı nederiyle küçük Mustafa'nın öğrenimi ister istemez bir süre aksamıştı. Fakat çok geçmeden Selânik'e dönerek halasının yanında, bıraktığı yerden öğrenimine devam etti.

Küçük Mustafa, Şemsi Efendi İlkokulu'ndan sonra bir süre Selânik Mülkiye Rüştiyesi'ne devam etti ise de Kaymak Hafız adlı Arapça öğretmeninin kendisine haksız yere sopa ile vurması üzerine bu okuldan ayrıldı ve 1893 yılında kendi kararı ile Askerî Rüştiye'ye müracaat ederek öğrenimine burada devam etti. Yazları, dayısı Hüseyin Efendi'nin yanına gider, okul zamanına kadar çiftlikte kalırdı.

Mustafa bu okulu gerçekten sevmişti. Arkadaşları arasında zekâsı ve üstün yetenekleri ile kısa zamanda kendisini gösterdi ve öğretmenlerinin sevgisini kazandı; öğretmenleri neredeyse kendisine bir arkadaş muamelesi yapma gereğini hissetmişlerdi. 
Bu okulda matematik öğretmenliği yapan Yüzbaşı Mustafa Efendi, genç öğrencisinin yetenekleri ve zekâsı karşısında sınıftaki diğer Mustafa'larla aralarındaki farkı belirtmek üzere öğrencisinin adının sonuna "Kemal" ismini ilâve etti. Artık genç öğrenci Mustafa Kemal olmuştu.

Mustafa Kemal, Selânik Askerî Rüştiyesi'ni bitirdikten sonra 1896 yılında Manastır Askerî İdadisi'ne girdi. Burada Ömer Naci ile arkadaşlık etti. İlerde ünlü bir hatip olarak tanınacak olan bu kişi, Mustafa Kemal'in hitabet ve edebiyat sevgisinde etkin rol oynadı. Yakın arkadaşlanndan biri olacak olan Ali Fethi (Okyar) de bu okulda öğrenci idi. Genç Mustafa Kemal, askerî öğreniminin yanısıra yabancı dil öğrenimini de ihmal etmiyor; yazları izinli olarak Selânik'e döndüğü zaman Fransızca dersleri alıyordu.

Genç Mustafa Kemal, Manastır Askerî İdadisi'ni de başarı ile bitirerek 13 Mart 1899 tarihinde İstanbul'da Harp Okulu'na girdi. 3 senelik başarılı bir Harbiye öğreniminden sonra 10 Şubat 1902'de bu okulu Teğmen rütbesiyle bitirdi ve öğrenimine Harp Akademisi'nde devam etti.1903 yılında Üsteğmen olmuştu.11 Ocak 1905 tarihinde de Kurmay Yüzbaşı rütbesiyle Harp Akademisi'nden mezun oldu. Harp Okulu'nda ve Harp Akademisi'nde de zekâsı, yetenekleri ve üstün kişiliği ile kendisini arkadaşlarına ve hocalarına tanıtmış, onların içten sevgi ve saygısını kazanmıştı. Askerlik derslerine büyük ilgisi yanında matematiğe, edebiyata ve güzel söz söylemeye karşı da merakı ve eğilimi vardı. Harbiye'de ve Harp Akademisi'nde, memleket ve millet davaları ile ilgilenmesi, düşüncelerini cesaretle ifadeden çekinmemesi sebebiyle aydın ve inkılâpçı bir subay olarak tanınmıştı. Devir istibdat idaresi idi ve bu davranışları aleyhine olabilirdi; ancak çevresince gerçekten çok sevilişi, düşüncelerinde samimi oluşu, onun herhangi bir tertibe kurban gitmesini önlemişti. Bununla beraber Harp Akademisi'nden mezuniyetini izleyen günlerde istibdat ve padişahlık rejimi aleyhindeki düşünceleri ve durumu, şüphe çekerek birkaç ay İstanbul'da tutuklu kaldı; sonra bir nevi sürgün olarak vazife ile 5 Şubat 1905 tarihinde Suriye bölgesine, Şam'a atandı.

Şam'da 5. Ordu'nun emrinde kaldığı üç yıl içinde Suriye'nin hemen her yerini görevle dolaşmış, memleket idaresindeki aksaklıkları, ordunun eğitim ve öğretimindeki eksiklikleri daha da yakından görmüştü. Mustafa Kemal, burada 1906 yılı Ekim ayı içinde güvendiği bazı arkadaşlarıyla gizli olarak "Vatan ve Hürriyet Cemiyeti"ni kurdu. Bu arkadaşlarıyla beraber Beyrut, Yafa ve Kudüs'te de kurdukları cemiyeti genişletti. Bir ara gizli olarak Mısır ve Yunanistan yoluyla Selânik'e geçerek burada da "Vatan ve Hürriyet Cemiyeti"nin bir şubesini açtı ve tekrar Şam'a döndü. Şam'dan uzaklaşışı hükûmetçe duyuldu ise de âmirleri kendisini koruduğundan bir ceza yoluna gidilmedi. Bir süre daha Şam'da kaldı. Bu sıralarda 20 Haziran 1907 tarihinde Kolağası (kıdemli yüzbaşı) oldu ve Şam'daki Ordunun Kurmay Başkanlığında bir göreve getirildi.

Mustafa Kemal 13 Ekim 1907'de merkezi Manastır' da bulunan 3. Ordu Karargâhına atandı. Bu Karargâhın Selânik'teki şubesinde çalışmak üzere Selânik'e geldi. Bu sıralarda Selânik'teki "Vatan ve Hürriyet Cemiyeti" üyelerini de içine almış olan İttihat ve Terakki Cemiyeti" faaliyet halinde idi. Mustafa Kemal de Selânik'e gelişini takiben bu cemiyete dahil olarak hizmet görmeye başladı. Memleketin istibdat idaresinden kurtarılması, yapılacak yenilikler onun da baş düşüncesiydi. Selânik'e gelişini takiben kısa bir süre sonra 22 Haziran 1908 de Üsküp-Selânik arasındaki demiryolu müfettişliği de 3. Ordu Karargâhındaki görevine ek olarak kendisine verildi.

23 Temmuz 1908 tarihinde İkinci Meşrutiyet ilân edildiği zaman Mustafa Kemal, Kolağası rütbesiyle Selânik'te askerî görevini sürdürmekte, bir yandan da "İttihat ve Terakki Cemiyeti" içinde çalışarak İstanbul'daki siyasi gelişmeleri yakından izlemektedir. O, II. Meşrutiyet gibi büyük bir inkılâbı takiben yapılanları kâfi görmüyor; bu fırsattan yararlanılarak memlekette daha büyük ve daha köklü değişikliklerin gerçekleştirilmesi gereğine inanıyordu.Fakat kendisinin görüşleri "İttihat ve Terakki Cemiyeti ileri gelenlerinin görüş ve düşüncelerine uymadı. Buna rağmen fikirleriyle zamanın söz sahibi kişilerini uyarmaktan da çekinmiyordu.

II. Meşrutiyet'in ilânı üzerinden henüz bir sene geçmemişti ki İstanbul'da 13 Nisan 1909'da bu harekete karşı, gerici çevrelerce desteklenen büyük bir isyan gelişti. Mustafa Kemal, 31 Mart Vak'ası olarak bilinen bu isyanı bastırmak üzere Rumeli de oluşturulan Hareket Ordusu'nun Kurmay Başkanlığına getirildi ve bu ordu ile 19 Nisan 1909 tarihinde İstanbul'a geldi. Hareket Ordusu'nun gerek yolda gerekse İstanbul'daki sevk ve idaresinde Kurmay Başkanı olarak önemli hizmetler gördü. Hareket Ordusu'nun İstânbul'a girdiği gün halka hitaben yayımlanan beyannameyi kendisi yazmıştı. Hareket Ordusu'nun duruma hakim oluşundan sonra Abdülhamit tahttan indirildi, yerine Sultan Reşat getirildi.